witch（魔女）是超能力的使用者，他们有超于常人的实力和力量，人类对他们既畏惧又仇恨。从而数千年来，各国政府联合成立的一个组织，所罗门，来压制魔女及保护人类。魔女血统是有遗传性的，但力量不一定就会觉醒，这些有潜在力量的人称为seed，被登记在册，无时无刻不受到所罗门组织的监视。一旦魔女力量觉醒，只要所罗门认为是危险的，就会对其加以捕猎。所罗门属下有一个行动部队名为STN，其主要任务就是对没有接受管理的魔女犯罪者进行捕捉和抹杀。STN为了加强战斗力而培养了一批魔女及seed，派驻世界各地的STN分部协助魔女的捕猎工作，天才少女濑名Robin就这样被欧洲总部派到了日本的STN-J分部。

一般传统做法上魔女的捕猎是指肉体上的消灭，但Robin发现日本后发现那里并不将对象杀死，而只是捕获，然后交给一个秘密组织——法库里特处理，并称之为人道捕获。而且STN-J使用一种神秘的绿色液体——欧鲁波，它能有效抑制魔女超能力的影响，也可以装在气压手枪里用作压制魔女的得力工具。

随着捕猎工作的进行，Robin的witch能力大为提高，但同时她也发现身边的疑团越来越多。开始是搭档亚门对自己的冷淡，据传说自己的前任魔女猎人就是被亚门捕猎的，自己会不会有同样下场呢？后来在墙城遇到了一个据说已活了千年之久的魔女，并从她手中继承了魔力的奥义，魔力达到能将人瞬间气化的地步。结果不但Robin自己被所罗门本部判定为危险人物遭到捕猎，STN-J也受到攻击，并被取消了使用欧鲁波的权利。

逃脱捕猎的Robin在STN-J的伙伴们的帮助下展开调查，发现了更多内幕。首先是所罗门和法库里特组织的不合明朗化，法库里特打算继续改良欧鲁波，加大效力，使普通人也能使用欧鲁波来捕猎魔女，而所罗门本部虽然没表示反对，但也没有支持他们。另外Robin发现法库里特和所罗门所发布的捕猎对象名单并不仅仅是犯罪的魔女，只要是被认为“有危险”或“无法控制自己的能力”的魔女都会被捕猎，大家开始对自己以往的工作产生了疑问。随着调查深入，Robin的身世渐渐浮现，更意外的发现了神秘的欧鲁波的来源……

魔女猎人本身是魔女，但又在为人类服务，从事捕猎其他魔女的工作。这个世界上为数本来就不多的种族中的一员，抹杀其他的魔女等于在灭亡自己的同类，另一方面他们又希望通过捕猎工作获得人类的认同，这种感情上的矛盾贯穿整部动画。另外所罗门、法库里特、日本警视厅之间的矛盾也被浓缩在了小小的STN-Japan分部，使得人们之间的关系变得更加微妙。