蓝色计划地球SOS讲述如今遥远的宇宙那端有不可知的力量正在威胁着地球，可怕的恶魔之手即将伸向这里。公历2000年，得以发展的人类科学，利用梦的力量“G反映组织”迎来崭新的时代。首都メトロポリタン和纽约以时速500公里的速度，仅仅一个小时结束了梦之弾丸列车（イナズマ）的开通仪式。偶遇的ビリー.キムラ、ペニー及カーター、ロッタ三人遭遇了不可思议的事情。为什么眼前イナズマ号被虹色光芒包围且消失，追查事件的ビリー和ペニー发现世界各地连续发生了同样的事件，却被人们当做了一般事件处理。人们在不知遭受危机的情况下生活着。
联合国为了追查原因秘密的设立了地球防卫组织，蓝色计划地球SOS是个科学冒险故事、偶然与迷宫组织共事的ビリー.キムラ和ペニーカーター两名少年与迷般宇宙人作战的科学冒险故事